“Вертеба” – Враховуючи велику кількість археологічних знахідок і унікальність самого природного об’єкта, 5 жовтня 2004 в печері створено перший в Україні підземний музей трипільської культури. За кількістю та науковою вартістю знахідок Вертеба не має собі рівних на Поділлі, тому її назвали «Наддністрянськими Помпеями». Знайдені у Вертебі археологічні матеріали зберігаються у музеях Борщева, Варшави, Відня, Кракова, Львова, Тернополя.
Центральне місце експозиції займає діорама зі скульптурами, розміщена в найбільшому залі печери (зал Леона Сапеги, названий іменем дослідника печери). У глибині південно-західної частини залу розміщено скульптуру давнього трипільця, який виходить з темного ходу і несе невеликий глечик, а в лівій руці тримає смолоскип, освічуючи собі шлях. У західній частині залу сидить «давній майстер», який виготовляє кістяну мотику. Важливе значення в діорамі займає мальований трипільський керамічний посуд. Орнамент, нанесений на посуд, аналогічний зразкам розпису на кераміці, знайденій під час розкопок трипільської культури у печері Вертеба.
“Кривче” – Досліджена довжина — 23 км. Середня ширина ходів — 2,0 м, середня висота — 2,7 м. Вона практично суха і є легкою для проходження. Тут спостерігається впродовж року стала температура (+10,6 °C). Це єдина освітлена печера на заході України, що приймає відвідувачів цілий рік.
Туристичний маршрут має протяжність два з половиною кілометри та триває близько півтори години. Перші 480 м є штучно прокладеним тунелем, стіни якого виблискують гіпсами, що нагадують листя папороті. На маршруті чергуються коридори і зали, окремі витвори природи отримали власні назви — голова бика, ящірка, слон тощо. Назву «Кришталева» печера отримала завдяки кристалам гіпсу білого, кремового та рожево-бурштинового кольору, що покриває місцями її стіни.
“Млинки” – Закладена у гіпсах баденського регіоярусу середнього міоцену. Вхід розташований на висоті приблизно 270 м над рівнем моря. Потужність шару гіпсів становить близько 20 м. Печера розвивається вздовж долини Млинки, з південного сходу на північний захід, та заглиблюється у гіпсовий масив у північному напрямку. Млинки — еталон гіпсового карсту — являють собою субгоризонтальну порожнину лабіринтового типу. Більшість довгих галерей та залів печери утворились у тріщинах з азимутами простягання 10—20 градусів, в перпендикулярному напрямку їх з’єднують короткі переходи.У більшості галерей стіни рясно вкрити гіпсовими кристалами різних розмірів, забарвлених у білий, жовтий, чорний та червоний кольори, кристалічним снігом; де-не-де можна побачити геліктити, виходи «шаблевидного» гіпсу, плафони пластинчастого гіпсу та карбонатні натічні утворення, групи сталактитів, «макаронів» та поодинокі сталагміти.